Dans la Cité Académique, ville étudiante où science et magie s'entremêlent, le malchanceux Tôma Kamijô possède un don bien particulier. Alors que les étudiants disposent de pouvoirs plus incroyables les uns que les autres, la mystérieuse capacité de Tôma lui permet d'annuler n'importe quel phénomène paranormal au prix de sa propre chance. Résigné à vivre sous une mauvaise étoile toute sa vie, son infortune provoque sa rencontre avec la jeune Index. Véritable encyclopédie sur patte, la nonne aurait mémorisé 103 000 sortilèges interdits au service de l’Église. Embarqué dans une aventure phénoménale, Tôma se retrouve propulsé malgré lui au-devant de la scène des plus grands complots où science et magie s’affrontent dans une lutte sans merci pour la suprématie du monde.
En rentrant de la supérette, Subaru Natsuki est soudain transporté dans un autre monde. Pourtant, aucun invocateur ne l’attend, et le danger accule déjà le jeune homme sous la forme de brigands. Par chance, il est sauvé par une magnifique et mystérieuse jeune femme aux cheveux argentés et son esprit félin. Sous prétexte de rembourser sa dette, Subaru l’assiste dans la recherche d’un objet qui lui a été dérobé. Mais alors qu’ils trouvent enfin une piste, Subaru et sa compagne sont attaqués par surprise et perdent la vie. Du moins, c’est ce que pensait le jeune homme jusqu’à ce qu’il rouvre les yeux à l’endroit même où il avait été invoqué.
Nous sommes en l’an 2138. Yggdrasil, le célèbre MMORPG à succès est sur le point de fermer. Momonga, nécromancien mort vivant de niveau 100, chef de la puissante guilde « Ainz Ooal Gown », attend seul l’arrêt du jeu. Cependant, l’heure de la fermeture passée, Momonga ne se déconnecte pas et les personnages non jouables se retrouvent dotés d’une conscience… Prisonnier d’un monde inconnu, notre seigneur maléfique va partir à la recherche d’un nouveau but à son existence et prendre la décision de conquérir ce nouvel univers tout en y laissant son empreinte.