Après un accident de la route, Haru, jeune lycéenne, s'est retrouvée dans un autre monde où elle est contrainte à travailler comme prostituée.
Keitaro Amagi est un jeune homme passionné par les océans. Enfant, son père lui a transmis cette fascination pour ces mondes mal connus. Devenu adulte, il répond alors tout naturellement à une embauche pour devenir simple balayeur au tout nouveau Magmell Deep Sea Aquarium. Ce gigantesque complexe sous-marin vient d'ouvrir et offre à ses visiteurs une découverte inédite de la faune sous-marine, à 200 m de profondeur. La passion de Keitaro l'emmènera sur des chemins inattendus au service du Magmell. Auprès du professeur Minato, le balayeur devra apprendre les secrets des calamars géants, sauver une espèce en danger, se confronter aux pêcheurs, et apprendre à préserver autant que possible un monde marin toujours plus mis en danger par les activités humaines.
Yuu est un jeune garçon solitaire depuis la mort de ses parents. Hébergé par le cousin de sa mère, un homme taciturne, il se retrouve un jour face à une étrange apparition féminine. « J'exaucerai l'un de tes voeux en échange de ce que tu as de plus précieux ». À ces mots, Yuu lui demande de devenir sa grande soeur. Il ignore alors ce que cela implique...