

L'histoire se déroule en Allemagne, en 1986, à Düsseldorf. Kenzo Tenma, le personnage principal, est un jeune neurochirurgien très talentueux, destiné à une brillante carrière et fiancé à la fille du directeur de l'hôpital, Eva Heinman. Mais un jour il refuse de soigner le maire et préfère soigner un garçon blessé d'une balle dans la tête. Sa sœur jumelle est aussi internée dans l'hôpital car elle est très choquée. Leurs parents (adoptifs) ont été assassinés sauvagement. Le garçon s'en sort, mais le maire meurt, faute de soins. Tenma est alors rétrogradé par le directeur de l'hôpital et Eva le quitte. Peu de temps après, le garçon et sa sœur disparaissent. Neuf ans plus tard alors que Tenma est sur le point de devenir le directeur d'hôpital, il est accusé de meurtre qui ont en fait été commis par Johann, ce garçon de 11 ans qu'il avait sauvé. Dès lors l'inspecteur Rünge, un homme de caractère et de confiance prend en charge l'enquête. Il poursuit Tenma sans relâche tandis que ce dernier poursuit Johann ; car Tenma, qui se demande s'il n'a pas sauvé un "Monstre", sait que les meurtres sont "l'œuvre" de son ancien patient.
Yuri se retrouve mystérieusement sur le toit d'un gratte-ciel. Ne sachant pas ce qui lui arrive ni où elle se trouve, elle voit foncer sur elle un personnage masqué et armé. Elle l'évite grâce à son instinct de survie, mais elle découvre un monde étrange, urbain. La seule façon de se déplacer et d'éviter les assaillants est d'emprunter les ponts qui relient les toits des immeubles d'une ville qui ne ressemble pourtant pas à Tokyo. Qui sont ces hommes masqués qui semblent en vouloir à sa vie ? Où se trouve son frère ? Comment sortir de ce monde affreux...!?
La Terre, dans un futur proche. Le closure virus, un mal mortel et incurable dont l'origine est inconnue, a dévasté la population mondiale. Dans les décombres de la civilisation, l'humanité tente de se relever. Une famille, en particulier, fait tout ce qu'elle peut pour survivre : la famille Ballard, dont l'un des membres, Enoa, est immunisé contre le virus depuis sa naissance. Si l’espèce humaine a frôlé l'extinction, ses travers sont toujours bien présents : l'égoïsme, l'avarice, la volonté de domination, l'individualisme…