Nous sommes en l'an 2138. Yggdrasil, le célèbre MMORPG à succès est sur le point de fermer. Momonga, nécromancien mort vivant de niveau 100, chef de la puissante guilde « Ainz Ooal Gown », attend seul l'arrêt du jeu. Cependant, l'heure de la fermeture passée, Momonga ne se déconnecte pas et les personnages non jouables se retrouvent dotés d'une conscience... Prisonnier d'un monde inconnu, notre seigneur maléfique va partir à la recherche d'un nouveau but à son existence et prendre la décision de conquérir ce nouvel univers tout en y laissant son empreinte.
Yuri se retrouve mystérieusement sur le toit d'un gratte-ciel. Ne sachant pas ce qui lui arrive ni où elle se trouve, elle voit foncer sur elle un personnage masqué et armé. Elle l'évite grâce à son instinct de survie, mais elle découvre un monde étrange, urbain. La seule façon de se déplacer et d'éviter les assaillants est d'emprunter les ponts qui relient les toits des immeubles d'une ville qui ne ressemble pourtant pas à Tokyo. Qui sont ces hommes masqués qui semblent en vouloir à sa vie ? Où se trouve son frère ? Comment sortir de ce monde affreux...!?
Tout comme dix mille autres joueurs, Asuna Yûki est piégée dans la forteresse d'Aincrad au coeur du monde virtuel de Sword Art Online. Complètement inexpérimentée, elle éprouve des difficultés à s'adapter à ce nouvel univers, mais très vite sa volonté farouche de survie la pousse à combattre en première ligne. Elle y rencontre Kirito, un mystérieux joueur solo bien résolu à terminer le jeu.