



Six mois se sont écoulés depuis la catastrophe, impliquant Kyogre et Groudon. Rouge et Bleu embraquent pour les îles de Sevii sur les traces du Professeur Chen. Ils vont être témoins d'une terrible tragédie dont est victime leur amie Verte. C'est le début d'une nouvelle grande aventure où nos héros vont devoir déjouer le sombre complot d'un vieil ennemi qu'ils pensaient disparu...
Yuri se retrouve mystérieusement sur le toit d'un gratte-ciel. Ne sachant pas ce qui lui arrive ni où elle se trouve, elle voit foncer sur elle un personnage masqué et armé. Elle l'évite grâce à son instinct de survie, mais elle découvre un monde étrange, urbain. La seule façon de se déplacer et d'éviter les assaillants est d'emprunter les ponts qui relient les toits des immeubles d'une ville qui ne ressemble pourtant pas à Tokyo. Qui sont ces hommes masqués qui semblent en vouloir à sa vie ? Où se trouve son frère ? Comment sortir de ce monde affreux...!?
Deux frères orphelins sont accueillis dans la famille Moriarty, grâce aux ambitions cachées du fils aîné Moriarty, Albert. Ce dernier abhorre l'aristocratie à laquelle il appartient et le système social qui régit la société britannique. Albert a vu en l'aîné l'intelligence et le charisme dont il avait besoin pour accomplir son rêve de nettoyer la société de ces "êtres inutiles et sales". Albert propose de leur offrir sa richesse et son influence à condition que les garçons mettent leur intelligence au service de son rêve. 13 ans plus tard, à côté de leurs activités officielles, les frères Moriarty sont devenus des "conseillers privés". Avec William à leur tête, ils aident les gens du peuple, victimes d'injustices, à se venger des riches qui les ont fait souffrir.